SECRETARIA DE MISSÕES é o elo entre a obra missionária, os missionários e as igrejas da CIBI. Composta pelo Secretário de Missões e mais seis membros eleitos de 04 em 04 anos, ela assessora as Convenções Regionais para implantação de projetos missionários nacionais, coordena as campanhas de missões, criar estratégias para arrecadação de ofertas juntos às igrejas e particulares e incentiva o programa de adoção de missionários em nível nacional e internacional. Também é responsável por criar projetos missionários nacionais e transculturais e promover simpósios e cursos para atualização missionária tanto em nível nacional quanto internacional, além de elaborar material impresso e visual informativo de missões.